Hoehne realizou diversas excursões botânicas pelo Brasil de 1895 a 1946 e entre 12 de abril e 5 de maio 1926 esteve no estado do Rio de Janeiro. Esta viagem é mencionada no livro “Álbum de Orchidaceas Brasileiras” (outubro 1930) que é um libelo contra a devastação dos recursos naturais onde Hoehne manifesta sua grande preocupação com a destruição das matas. As legendas das fotografias demonstram este sentimento sobretudo naquela onde mostra a destruição da mata entre Jussaral e Angra dos Reis (RJ) para a construção de estradas de ferros (ver foto matéria "Hoehne, um pioneiro da proteção da natureza no Brasil"). Ele escreve: “Matta Virgem entre Jussural e Angra dos Reis, Estado do Rio de Janeiro, que visitamos em 1926. Aqui se pode ver como a estradas de ferro, desde que são construídas, contribuem para destruir as matas que atravessam. Um acampamento em que demoramos 8 dias estudando a flora e as condições em que medram as Orchidaceas de nossa terra.” Ele fala ainda da riqueza de orquídeas de uma floresta alagadiça que se estende nos fundos da enseada de Angra dos Reis, onde crescem Cattleyas, Laelias, Oncidiums, Maxillarias, Rodriguesias, Miltonias, Octomerias, Pleurothallis. Cita ainda o fundo da Baia da Guanabara, a Serra da Estrela e a Serra dos Órgãos, assim como o Corcovado, Bico do Papagaio, Pedra Bonita, Gávea, Tijuca, Pão de Açúcar.

Octomeria estrellensis Hoehne - uma espécie endêmica para o Estado do Rio de Janeiro.

O relatório da excursão ao Rio de Janeiro foi publicado no fascículo 1, das “Observações gerais e contribuições para o estudo da flora fitofisionomia do Brasil”, sob o título “Uma excursão botânica ao norte de São Paulo e regiões limítrofes dos Estados de Minas Gerais e Rio de Janeiro”. Ele a incluiu também na excursão mental proposta na “Iconografia das Orchidaceas do Brasil” (“Uma excursão mental pelo Pais – Onde e em que condições vegetam as orchidaceas brasileiras”), ao citar a riqueza de algumas regiões como Cabo Frio: “Penetrando, pelo litoral do Estado de Rio de Janeiro, temos, em Cabo Frio, uma região excelente para Orchidaceas, graças ao seu avanço sobre o oceano. Abundam ali: Cattleya leopoldii, C. guttata e C. forbesii e outras espécies muito ornamentais."

Habenaria magdalenensis Hoehne Espécie descrita a partir de planta encontrada em Santa Madalena, município do estado do Rio de Janeiro

Assim como da cidade do Rio de Janeiro:
"... Na Tijuca, onde os Picos do Papagaio, da Tijuca e Archer sobressaem, dominando sobre a região, existem muitas orchidaceas dendrícolas e terrestres. Mesmo nas barrancas das estradas, deparamos com espécies de Habenaria, Cleistes, Stenorrhynchus e Prescottia, no humo das matas fechadas temos Centrogenium, Cyclopogon, Sauroglossum, Physurus, Corymborchis, Prescottia plantaginea, Houlletia Brocklehurstiana, Zygopetalum Mackayi, Z. crinitum, Z Mosenii."

Habenaria fluminensis Hoehne Habenaria é o gênero com mais espécies descritas por Hoehne, cerca de 22.

Habenaria fluminensis, descrita a partir de planta encontrada no estado do Rio, ocorre também na Bahia, Espírito, Minas Gerais e São Paulo.

Assim como as rochas da Tijuca, a Serra da Estrela (Petrópolis), a zona litorânea em Mangaratiba, Angra dos Reis (onde fotografa um exemplar de Laelia crispa com 86 flores abertas ao mesmo tempo). Menciona ainda a Ilha Grande, informando que proporciona excelentes ensejos para o estudo das dendrícolas e nas matas sujeitas à variação de maré, são encontradas C. guttata, leopoldii, forbesii além da Laelia crispa.

Esta excursão mental foi baseada em "fatos e observações feitas durante as nossas excursões e viagens levadas a efeito desde 1895 a 1946, espaçadas e intercaladas sempre de trabalhos longos de laboratórios” (Hoehne).

Das espécies descritas por ele, cerca de 50 ocorrem também no estado do Rio de Janeiro e algumas delas são endêmicas, ou seja só ocorrem dentro de seus limites territoriais, como a Octomeria estrellensis, Maxillaria spannagelii Hoehne, Pleurothallis conspersa, Pleurothallis pubipetala, Pleurothallis rubro-limabata, Pleurothallis spannageliana, Pleurothallis spathuliglossa. Ele trouxe à luz da ciência um grande número de espécies de orquídeas dos mais diferentes gêneros o que demonstra seu vasto conhecimento sobre a família Orchidaceae. São descrições são bastante completas e destas espécies, mais de 130 são ainda consideradas válidas e algumas outras são, hoje em dia, consideradas como sinônimos.

Em sua homenagem, além do gênero Hoehneella Ruschi (ver ilustração em "Hoehne, um pioneiro da proteção da natureza no Brasil"), foram descritas diversas espécies, entre elas, Mormodes hoehnei Miranda & Lacerda, Polystachya hoehneana Kraenzl. Prosthechea hoehnei (A.D. Hawkes) W.E. Higgins e Stelis hoehnei Schltr.

Maxillaria spannagelii Hoehne é encontrada unicamente na Serra dos Órgãos, no município de Petrópolis.

Cyclopogon elegans Hoehne ES, PE, RJ, SP

Campylocentrum crassirhizum Hoehne ES, PE, RJ

Campylocentrum pauloense Hoehne & Schltr. ES, PE, RS, SC, SP

Campylocentrum spannagelii Hoehne AL, ES, GO, MG, RJ

Lista das espécies descritas por Hoehne e área de distribuição

Acacallis hoehnei (Hoehne) Schltr. – AM, MT, RO
Cyclopogon elegans (Hoehne) Garay - ES, PE, RJ, SP
Cyclopogon oligantha (Hoehne) Garay - SP
Brachionidium restrepioides (Hoehne) Pabst - RJ, SP
Bulbophyllum ipanemensis Hoehne - BA, MG
Bulbophyllum luederwaldtii Hoehne & Schltr. - PR, RJ, SC, SP
Campylocentrum crassirhizum Hoehne - ES, PE, RJ
Campylocentrum pauloense Hoehne & Schltr. - ES, PE, RS, SC, SP
Campylocentrum pernambucense Hoehne - PE
Campylocentrum spannagelii Hoehne - AL, ES, GO, MG, RJ
Capanemia gehrtii Hoehne - ES, MG, PR, RJ, RS, SC, SP
Catasetum cirrhaeoides Hoehne - MT, RO
Catasetum juruenense Hoehne - MT
Catasetum rooseveltianum Hoehne – GO, MS, MT
Catasetum spitzii Hoehne - DF, GO, TO
Catasetum vinaceum Hoehne – GO, MS , MT
Cirrhaea longiracemosa Hoehne - BA, ES, PR, RJ, SC
Cleistes castanoides Hoehne - DF, GO, MG, PR, SP
Cleistes catharinensis (Cogn.) Hoehne - SC
Cleistes gert-hatschbachiana Hoehne- PR
Cleistes latiglossa Hoehne - MT
Cleistes silveirana Hoehne & Schltr. - RJ, SP
Cranichis glabricaulis Hoehne - DF, MT
Cyrtopodium lissochiloides Hoehne & Schltr. - GO, MG, SP
Cyrtopodium paludicolum Hoehne - DF, ES, GO, MG, MS, MT, PR, RJ, SP
Galeandra xerophila Hoehne – MT
Habenaria aricaensis Hoehne – MT, RO, TO
Habenaria brachyplectron Hoehne & Schltr. - SP
Habenaria coxipoensis Hoehne - DF, MT , SP, TO
Habenaria depressifolia Hoehne - AP, DF, GO , PA
Habenaria ulei Hoehne - RJ, SP (42 e 94)
Habenaria fastor Warm. non Warm ex. Hoehne AM, BA, DF, ES, MG, MT, PI, SP
Habenaria fluminensis Hoehne – BA, ES, MG, RJ, SP
Habenaria galeandriformis Hoehne - SP
Habenaria habenarioides (Hoehne) R. E. Nogueira & R. J. V. Alves - PR
Habenaria juruenensis Hoehne - DF, GO, MG MT, TO
Habenaria lavrensis Hoehne – DF, GO, MG, (115)
Habenaria longipedicellata Hoehne – AM, AP, DF, GO, MG, MS, PA, TO
Habenaria macronectar (Vell.) Hoehne - ES, MG, PR, RJ, RS, SC, SP
Habenaria magdalenensis Hoehne - RJ
Habenaria megapotamensis Hoehne – PR, RS
Habenaria novaesii Edw. & Hoehne - SP
Habenaria nuda Lindl var. pygmaea Hoehne – DF
Habenaria orchiocalcar Hoehne - DF, GO, MS, MT, PA, TO
Habenaria piraquarensis Hoehne – PR
Habenaria pleiophylla Hoehne & Schl. - PR, RS, SC, SP
Habenaria polycarpa Hoehne - MS, MT
Habenaria trifida H.B. K f. curti-bradei (Hoehne) Batista & Biancheti - DF, GO, MG, SP
Laelia gloedeniana Hoehne - ES
Laelia mixta Hoehne - ES
Lankesterella spannageliana (Hoehne ex Brade) Mansf.
Leptotes pauloensis Hoehne - ES, RJ, SP
Ligeophila juruensis (Hoehne) Garay - AM, AP, DF, MG, MS, MT, PA, RO, RR, SC, SP
Maxillaria cogniauxiana Hoehne - ES, MG, PR, RJ, RS, SC, SP
Maxillaria paulistana Hoehne - PR, SP
Maxillaria piresiana Hoehne - ES, MG, RJ, SP
Maxillaria spannagelii Hoehne - RJ
Maxillaria ubatubana Hoehne - ES, RJ, SP
Mormodes vinacea Hoehne – MT, RO
Notylia longispicata Hoehne & Schltr. - PE, SP
Notylia tapirapoanensis Hoehne - MT
Octomeria albiflora Hoehne & Schltr. - SP
Octomeria caldensis Hoehne - MG, SP
Octomeria estrellensis Hoehne - RJ
Octomeria gehrtii Hoehne & Schltr. - PR, SC, SP
Octomeria octomeriantha (Hoehne) Pabst - PR, SC, SP
Octomeria rechiana Hoehne - RJ, SP
Octomeria rotundiglossa Hoehne - PR, SC, SP
Octomeria serrana Hoehne - PR, RJ, SC, SP
Octomeria spannagelii Hoehne - ES, RJ
Octomeria wilsoniana Hoehne - RJ, SP
Oncidium fuscopetalum (Hoehne) Garay - DF, GO, MA, MS, MT,
Oncidium paranapiacabense Hoehne – SP
Palmorchis duckei Hoehne - AM
Phymatidium mello-barretoi Hoehne & Williams - MG, RJ, SP
Pinelia paulensis Hoehne & Schltr. - SP
Platythelys schlechteriana (Hoehne) Garay - PR, RJ, SC, SP
Plectrophora calcarhamata Hoehne - GO, MT, PA
Pleurothallis aveniformis Hoehne - PR, RS
Pleurothallis brachyloba Hoehne - SP
Pleurothallis butantanensis Hoehne & Schltr. PR, RS, SC, SP
Pleurothallis caldensis Hoehne & Schltr. - MG, PR
Pleurothallis duartei Hoehne – SP
Pleurothallis fernandiana Hoehne - SC, SP
Pleurothallis gehrtii Hoehne & Schltr. - RJ, SP
Pleurothallis guarujaensis Hoehne - SP
Pleurothallis heliconoscapa Hoehne – SP
Pleurothallis helmutti Hoehne - MG, SP
Pleurothallis heringeri Hoehne - MG, RJ
Pleurothallis jordanensis Hoehne - SP
Pleurothallis mattinhensis Hoehne - PR, RJ, RS, SC
Pleurothallis miniato-lineolata Hoehne - RJ, SP
Pleurothallis montipelladensis Hoehne - BA, MG, MT (?), RJ, SP
Pleurothallis mouraeoides Hoehne - PR, RJ, RS, SC, SP
Pleurothallis myrmecophila Hoehne - MT
Pleurothallis per-dusenii Hoehne - PR
Pleurothallis peroupavae Hoehne & Brade - SP
Pleurothallis petropolitana Hoehne - ES, RJ
Pleurothallis piraquarensis Hoehne - PR, RJ
Pleurothallis piratiningana Hoehne - PR, SP
Pleurothallis podoglossa Hoehne - PR, SP
Pleurothallis pubipetala Hoehne - RJ
Pleurothallis puttemansi Hoehne - SP
Pleurothallis rubro-limabata Hoehne - RJ
Pleurothallis rubro-lineata Hoehne - ES, RJ, SC, SP
Pleurothallis ruschii Hoehne - ES
Pleurothallis spannageliana Hoehne - RJ
Pleurothallis spathuliglossa Hoehne - RJ
Pleurothallis sphaeroglossa Hoehne - MG, PE, PR, RJ, SC
Pleurothallis suzanensis Hoehne - SP
Pleurothallis violaceo-maculata Hoehne - PR
Polystachya tricuspidata Hoehne
Prosthechea allemanoides (Hoehne) W.E. Higgins - ES, MG, SP
Prosthechea pregnelliana (Hoehne & Schltr.) W.E. Higgins - MG
Prosthechea suzanensis (Hoehne) W.E. Higgins - MG, SP
Rodrigueziella doeringii (Hoehne) Pabst - RJ, SP
Rodrigueziella gomesioides (Barb. Rodr.) Pabst - ES, PR, RJ, RS, SC, SP
Rodrigueziella handroi (Hoehne) Pabst - ES, RJ, SC, SP
Scuticaria strictifolia Hoehne - RJ, SP
Sobralia augusta Hoehne - MT, PA, PE
Sobralia cataractarum Hoehne - MT
Sobralia rondoni Hoehne - MT
Stelis pauloensis Hoehne & Schltr. - BA, PR, SC, SP
Vanilla bahiana Hoehne - AL, BA, - DF ES, PA, PB, PE, RN, RJ
Vanilla cristagalli Hoehne - AM
Vanilla cristato-callosa Hoehne - AM
Vanilla dubia Hoehne - MG
Vanilla ribeiroi Hoehne - MT
Vanilla schwackeana Hoehne - MG, PE
Vanilla trigonocarpa Hoehne - AL, AM, PA